截至目前，中科院植物所共获批国家自然科学基金项目44项。其中植物多样性与特色经济作物重点实验室表现尤为突出，占全所获批数量的一半，获批22项；植物分子生理学重点实验室获批10项；植被与环境变化重点实验室获批9项；光生物学重点实验室获批3项。获批项目包括重点项目4项（直接经费869万元）、杰出青年科学基金延续项目1项（包干制经费800万元）、优秀青年科学基金项目3项（包干制经费600万元）、国际（地区）合作与交流项目1项（直接经费243万元）、面上项目21项（直接经费1045万元）、青年科学基金项目13项（直接经费390万元）、外国学者研究基金项目1项（直接经费20万元）。植物所获批项目资助总额3967万元（直接经费和包干制经费）。
2024年度，基金委集中申报期共接收各类项目申请384564项，经初审和复审后共受理383126项，已评审项目资助49805项。在集中申报期，植物所申请项目195项，资助44项，资助率22.56%。本年度，植物所面上项目申请118项，资助率为17.8%；青年科学基金项目申请46项，资助率为28.3%；优秀青年科学基金项目申请8项，上会答辩4项，获资助3项；重点项目申请17项，上会答辩6项，获资助4项；国际（地区）合作与交流项目申请1项，上会答辩1项，获资助1项。