20世纪五六十年代，生物出版就形成了优秀原创、经典译著、专业期刊的格局。
随着全国科学大会的召开，生物出版不仅保持了原有的优势，国际合作交流也从无到有，不断扩展。除了大量从西方引入优秀图书的版权，又向国外输出优秀书籍。
改革开放以来的30多年中，我国生物学研究得到了前所未有的发展，这一阶段科学出版社出版了一大批国内外的优秀著作。首先是国际著名出版社的前沿、经典译著。其次是高水平、高质量、代表我国科学家出色科研成果的本版著作，如谈家桢院士主编的“遗传学丛书”（14分册），陈竺等众多院士参编的“863生物高技术丛书”（17分册）等等。此外，科学出版社还出版了很多在市场上有较好反响的系列丛书，以全面体现生命科学各个方向的发展。
目前，科学出版社从事生物学出版工作有两个分社出版学术专著的生物分社和出版教材的农林与生命科学出版分社。年平均出版品种接近250种。编者
1956年，我国将编著中国动植物志纳入了《1956～1967年科学技术发展远景规划》。经过半个多世纪四五代动植物分类学家的努力奋斗，《中国植物志》已于2004年出齐，并于2008年荣获首届中国出版政府奖图书奖，2009年又荣获国家自然科学奖一等奖。《中国动物志》和《中国孢子植物志》目前也分别出版了130多册和近百册。
“三志”合计有500余卷册, 计划收录动植物14万种，总计字数达2亿多，记录了我国85%以上已知的生物种类及其区系、演化、地理分布、物种生物生态特性及其经济价值等信息。“三志”的编纂将为研究生物多样性，探讨生物物种演化和系统发育的基础，并为我国生物资源保护和开发利用、濒危物种的保护等提供理论依据。“三志”的编纂出版，不仅是我国动植物学发展史上的里程碑，也是我国科学出版史上必须载入史册的大事。
《中国植物志》1958年正式启动，前后历经四任主编钱崇澍和陈焕镛、林镕、俞德浚、吴征镒。作者312人，绘图164人。全书共计80卷，计126分册，5000余万字，实际记载中国维管束植物300科3434属31180种5552种下类群，8690个图版和409幅插图；其中特有属233（占6.8%），特有种16864（占54%），非国产属319，非国产种1128，未知种242（据马金双统计）。
该志还启动了英文版的编纂工作，由吴征镒院士和Raven教授主编，科学出版社与美国密苏里植物园出版社联合出版。英文版对中文版进行了较为全面的修订，全书包括文字25卷、图版24卷，2013年全部出版。记录了我国维管束植物312科3328属31362种，是目前世界上最大的英文版植物志。
1962年《中国动物志》编辑委员会正式宣告成立。1966年以前，动物志已完成部分卷册，由于“文革”而中止，1972年，编纂重新启动。1978年走上正轨，出版了第一册。
1980年11月，《中国动物志》召开第三次编委扩大会议。到1997年8月，完成了48卷，包括脊椎动物12卷、昆虫16卷，1900余万字，记述我国动物11837种， 彩图231幅，黑白图1145幅。到2004年8月，出版了100卷，其中脊椎动物24卷、无脊椎动物40卷、昆虫36卷，共记述我国动物25000余种, 总字数达6000余万字。最近10年，又出版了30多卷。
该志受到了国际动物学界的重视，美国翻译出版了《中国经济动物志鸟纲》，日本翻译出版了《中国动物志淡水挠足类》。
《中国孢子植物志》包括《中国真菌志》《中国地衣志》《中国海藻志》《中国淡水藻志》《中国苔藓志》5种，预计130多卷。编纂工作在1973年启动，编委会挂靠在中国科学院微生物研究所，该所与中国科学院海洋研究所、中国科学院水生生物研究所和中国科学院植物研究所分别主持上述卷册编纂工作。1987年，《中国真菌志》第一卷出版。
《中国孢子植物志》将记载我国孢子植物物种数、经济用途、地理分布, 探讨它们之间亲缘关系。目前已出版了近90册。
该志引起了国际学术界的重视。《中国苔藓志》与美国密苏里植物园出版社合作出版英文版，近年已出版了8册。