生物菌肥由于含有大量的生物菌，通过生物菌的活动，不但可以改善土壤的理化性状，提高土壤有机质的含量，而且具有解钾、释磷、固氮的功能。生物菌肥多以优质草碳为载体，其中草碳含有大量的植物必须的微量元素。这是其它化学肥料所不具备的。生物菌肥施入土壤后，以腐烂秸秆为载体，生物菌很快增殖，加速秸秆腐烂，并形成群体优势分解土壤中被固定的且植物不能吸收利用的氮、磷、钾，供植物吸收利用。
秸秆还田是把农作物秸秆直接粉碎后施入土壤中的一种方法。秸秆还田具有增加土壤有机质、提高土壤保水能力，具有提高作物产量，改善土壤性状、结构等优点。
正因为微生物肥料是活制剂，所以其肥效与活菌数量、活动强度及周围环境条件密切相关，而秸秆在微生物作用下的腐熟过程能为微生物提供营养物质，对微生物的生长繁育具有积极作用。在微生物的繁育过程中，秸秆被腐熟、消化，成为肥料。另外土壤中的微生物肥料对土壤净化具有积极使用。
由此看来，利用微生物的特定功能还可以分解发酵城市生活垃圾及农牧业废弃物而制成微生物肥料，是一条经济可行的有效途径。
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